表白，在一段优美的感情戏后，尼奥忽然开了挂。
母体中的世界在他眼中变成了数据流，他就像一个程序的管理员一样洞悉这个程序的所有数据，且能依此提前预知特工们的下一步行动，并在这种情况下不费吹灰之力地杀死了史密斯特工。
非常漂亮的故事，非常惊人的构思。
可“爱拯救一切”的逻辑让一切变得平庸——不是说这个故事本身平庸，而是“爱”在这里表现得太模式化了，太标准了，以至于显得十分虚假。
好在打斗十分精彩，而且故事显然还有很长一段后续，克莱尔稍微降低了一点期待值，继续看了下去。
接下来的剧情开始向现实世界倾斜，在尼奥杀死了史密斯后，反抗军在现实中的根据地，锡安，受到了母体所派来的军队的打击。
为了赢得战争，尼奥在先知的指引下，决心去寻找母体的主机。
他在主机室里见到了“程序架构师”。
尼奥问他：“我为什么来到这里？”
“你的生命是母体编程过程中一个内在不平衡等式的余数之和。你是一个变异的总数。我用尽了一切办法也不能消除余数，以达到数学上所特有的精准与和谐。”程序架构师回答。
大厅中响起一阵骚动，这段对话实在是太艰涩和难以理解了，就连克莱尔都只能半懂不懂地理解到一点点。
母体是一个程序，这个程序是为了让人类安稳地生活在其中而诞生的，它并没有逻辑上的完全自洽——程序架构师能做到这一点，可人类却无法接受一个逻辑自洽的世界，人类这种生物只能在混乱的世界里才能生存。
所以程序架构师只好设计一个带有漏洞的“母体”给人类。
而尼奥，就是这个程序中的漏洞的总和。
他被先知指引着来到程序架构师面前，而被毁灭以重塑母体世界，就是他诞生的理由。
从这里开始，电影的走向变得难以理解起来。
程序架构师给了尼奥两个选择，融入母体以拯救人类，或是放弃融入，放弃这么久以来的坚持和努力，去拯救崔妮蒂。
尼奥选择了后者。
其实这一部分的感情戏依然显得非常生硬，简直是“为了爱而爱”。
这一段剧情给克莱尔一种错觉，好像它根本不是为了展现人性的、打动人心的爱，不是为了令观众感动和理解存在的。
它只是简单地、直截了当地告诉观众：
我不关心逻辑。这行为无关逻辑，只是人类。
该死的是，经过了这样漫长的故事后，在整体氛围极其冰冷的过程里，克莱尔竟觉得被这样简单粗暴的感情戏说服了。
尽管理智上不喜欢，不接受，觉得荒诞……
但是的。
这很人类。
因为尼奥选择了崔妮蒂而没有选择融入母体，接下来人类必须面对机器人大军，紧接而来的又是大段
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